A diferencia de otros centros poblados de la provincia de Llanquihue, la comuna de Los Muermos no se inscribe dentro de los centros poblados establecidos por los españoles en la época de la colonia, ni tampoco tuvo su origen en la colonización alemana realizada a partir del año 1852, durante el gobierno del presidente Manuel Montt. Por el contrario, Los Muermos es de data mas reciente.
En todo caso, cabe recordar que los primeros habitantes eran las tribus de los Huilliches en el valle central y los Cuncos en la costa, grupos aborígenes que se diferenciaban de aquellos que poblaban las regiones de más al norte por ser menos belicosos, construir sus viviendas con muros de madera, y por combinar la agricultura con la pesca y recolección de productos del mar en general.

Los primeros pobladores comenzaron a radicarse en esta zona a partir del año 1933. En 1934 se formó el Comité de Adelanto. El pueblo, sin embargo, es prácticamente consecuencia de la extensión del ferrocarril hasta este sector, cuando en 1914 el gobierno de la época, consecuente con la idea de mejorar los medios de transportes y fomentar el progreso de las provincias sureñas, resuelve construir un ferrocarril que, desde la estación de Río Negro, llegaría hasta las mismas orillas del río Maullín. Además contribuiría a una mejor comunicación con la isla de Chiloé.

Los primeros estudios y reconocimiento del terreno estuvieron a cargo del ingeniero Carlos Mahotiere. Definitivamente la estación se fijó en Corte Alto y no como se había pensado en un principio en Río Negro. En el año 1929 se terminaron los planos y la construcción se inició de inmediato.

En el año 1934 se crea el retén de carabineros y empieza a funcionar la escuela N° 24 destinada a atender principalmente a los hijos de funcionarios del ferrocarril, pues eran muy pocos los habitantes que en esa fecha había en el sector.
En el año 1936 se construye la primera capilla, la parroquia de San Pedro de Los Muermos. Poco a poco se van incorporando nuevos aportes al crecimiento del pueblo que comenzaba a nacer. En 1937 se instala la escuela educacional N° 30; en 1943 se abre la primera oficina de Registro Civil.
Se crean nuevas instituciones como el Club Atlético Independiente (C.A.I) y compañías de bomberos. El 11 de febrero de 1952, con la llegada de “Las Hermanas de la Caridad del Sagrado Corazón de Jesús” se crea el liceo particular Ramón Ángel Jara. En 1953, ya se contaba con energía eléctrica, oficina de correos y registro civil. El año 1956 llega a instalarse la industria lechera CHIPRODAL.

El terremoto del 22 de mayo de 1960 y posterior maremoto, trajo la destrucción y la muerte para la provincia de Llanquihue, con trágicas consecuencias para el cercano poblado costero de Quenuir. Afortunadamente, en Los Muermos los daños no fueron de consideración, pero de todos modos la Cruz Roja norteamericana financió la construcción de 36 viviendas destinadas a otras tantas familias afectadas por el sismo, en la población denominada Minnesota. La construcción de la ruta 5 sur, hacia 1960, dio fluidez, continuidad y seguridad, tanto al servicio de pasajeros como de carga, integrando a la ciudad de Los Muermos con la capital regional y con el resto del país.